Hajdu János a rendszerváltást követően a rendőrség bevetési egységeinél szolgált. 1991-ben részt vett egy kéthónapos kiképzésen az Egyesült Államokban. Az ORFK Szervezett Bűnözés Elleni Szolgálatának, majd jogutódjának, az 1996. szeptember 1-jével létrehozott, és csupán két évet megért Központi Bűnüldözési Igazgatóságnak (KBI), és annak jogutódjánál, a Szervezett Bűnözés Elleni Igazgatóságnak a bevetési osztályán dolgozott; 1999-ben megbízott parancsnoka lett. Kommandósként tizennégy év alatt hatszáz éles akcióban vett részt, társaival összesen kétezer bűnözőt fogott el.

Egy ellene indult, felmentéssel végződött vizsgálat után - a gyanú szerint 2002 júliusában szükségtelenül erőszakoskodott egy gyanúsítottal -, a 2002-es kormányváltást követően leszerelt. Erről egy 2008-as interjújában úgy nyilatkozott, soha többet nem tér vissza a rendőrséghez.

Leszerelése után egy volt rendőrökből álló biztonsági csapat élén Orbán Viktor védelmét látta el, illetve a Fidesz biztonsági igazgatójaként tevékenykedett - civilként - több mint 7 éven át.