A NAV mint az APEH és a Vám- és Pénzügyőrség jogutódja a kormány irányítása és a nemzetgazdasági miniszter felügyelete alatt álló kormányhivatal, államigazgatási és rendvédelmi feladatokat is ellátó országos hatáskörű szerv lesz. A NAV szervezeti felépítése - hasonlóan az APEH és a Vám- és Pénzügyőrség felépítéséhez - háromszintű marad. Az új kormányrendelet a NAV központi szerveit a következőképpen határozza meg:

- Központi Hivatal

- Bűnügyi Főigazgatóság

- Informatikai Intézet

- Integrált Informatikai és Telekommunikációs Intézet

- Képzési, Egészségügyi és Kulturális Intézet

Fontos megjegyezni, hogy az új szabályozás elkülönítetten kezeli az adóztatási szerveket és a vámszerveket mind közép-, mind alsó fokon. A NAV alsó fokú és középfokú (első- és másodfokú) adóztatási szervei az új jogszabály alapján az alábbiak:

A NAV középfokú adóztatási szervei:

- a regionális adófőigazgatóságok,

- a Kiemelt Ügyek és Adózók Adófőigazgatósága ("KAFIG")

A NAV alsó fokú adóztatási szervei:

- a megyei (fővárosi) adóigazgatóságok

- a Kiemelt Ügyek Adóigazgatósága ("KÜIG")

- a Kiemelt Adózók Adóigazgatósága ("KAIG")

A NAV adóztatási szerveinek középfokú szerveiként megmaradnak a regionális adó-főigazgatóságok. Ezek illetékessége igazodik a korábbi alájuk tartozó igazgatóságok illetékességi területeihez. Új elemként jelenik meg a KAFIG, mely a KÜIG és a KAIG felettes szerve lesz. Ez azt is jelenti, hogy a KAFIG lesz ezen szervek által lefolytatott eljárásoknak a másodfokú elbírálója. Fontos változás lesz a továbbiakban, hogy általános adózói körben másodfokon értékhatártól függetlenül, de az illetékességtől függően a regionális adófőigazgatóságok járnak el.

További változás lesz, hogy a KAIG helyett kizárólag a KÜIG jár el a jövőben többek között a belföldön nem letelepedett adóalanyok adó-visszatérítésével és a pénzügyi képviselő bejelentésével kapcsolatban, vagy például a fióktelepnek nem minősülő telephelyen gazdasági tevékenységet folytató külföldi vállalkozás adóügyében. A szokásos piaci ár megállapítása iránti eljárásban a továbbiakban az APEH Központi Hivatala helyett a KAIG jár el. A csoportos adóalanyisággal kapcsolatos ügyek a továbbiakban is a KAIG hatáskörébe tartoznak. A jövő évtől az áfatörvényben bevezetett együttműködő közösség adóügyeiben az eljárást az együttműködő közösség képviselőjének adóügyeiben eljáró adóigazgatóság folytatja le.

A NAV középfokú és alsó fokú vámszervei az új jogszabály alapján az alábbiak:

A NAV középfokú vámszervei:

- a regionális vám- és pénzügyőri főigazgatóságok

- a Repülőtéri Főigazgatóság

- a Bevetési Főigazgatóság

- a Szakértői Intézet

A NAV alsó fokú vámszervei:

- a megyei (fővárosi) vám- és pénzügyőri igazgatóságok

- a Kiemelt Ügyek és Adózók Vám- és Pénzügyőri Igazgatósága ("KAVIG")

- az 1. számú Repülőtéri Igazgatóság

- a 2. számú Repülőtéri Igazgatóság

- a Járőr Igazgatóság

- az Őrzésvédelmi és Támogató Igazgatóság

Az új jogszabály alapján látható, hogy egyes vámszervek megszűnnek (pl.: a Regionális Ellenőrzési Központok), mások létrejönnek (pl.: az Észak-budapesti Vám- és Pénzügyőri Igazgatóság), illetve a vámszervek általános és különös hatáskörei, valamint illetékességei jelentősen átalakulnak. Amellett, hogy a teljes, vámmal és jövedékkel foglalkozó intézményrendszer átszervezésre kerül, az APEH Kiemelt Ügyek és Adózók Főigazgatósága mintájára létrehozták a KAVIG-ot, a Kiemelt Ügyek és Adózók Vám- és Pénzügyőri Igazgatóságát. A 2011. január 1-től megszűnő Vám- és Pénzügyőrség Vegyvizsgáló Intézetének feladatköreit a Szakértői Intézet fogja átvenni. Javasoljuk minden vállalatnak, hogy a jelentős változásokra tekintettel mihamarabb kezdjen egyeztetéseket a területileg illetékes vám- és pénzügyőri hivatallal annak érdekében, hogy a 2011. január 1-től bekövetkező változások a legkisebb mértékben akadályozzák a vámeljárások lefolytatását, illetve a társaságok napi működését. A Központi Elektronikus Szolgáltató Rendszer igénybevevőinek az APEH vagy VPOP elnevezésű hivatali kapuk továbbra is alkalmazhatóak lesznek.

Vida Ildikót nevezték ki a Nemzeti Adó- és Vámhivatal elnökévé. Vida korábban kormánybiztosként irányította az APEH és a VPOP egyesítését. A két szervezet összevonása után létrejövő kormányhivatal államigazgatási és fegyveres rendvédelmi feladatokat is ellát majd.